机密单位301研究所研发的新型深潜器在三岛市下水试验，实验过程连续遭遇泄密事件。三岛市国安局接到任务，60天内侦破此案。“坏小子”洪少秋(靳东 饰)和“女汉子”叶焓成立专案组，开始了跟敌人的博弈。办案过程屡屡遭遇意想不到的阻碍，洪少秋和叶焓也因彼此性格、做事方法的迥异而矛盾重重。专案组刚刚成立的第二天，就被D国“间谍王”比目鱼逼入绝境，断掉了一切线索。洪少秋把侦破视角转到了一个把他从小养大的地方---301研究所。在经过了情感与理智的搏斗之后，终于抓出了内鬼，同时，也收获了叶焓的信任。一个叶焓的“运用人”高一天意外出现，给整个侦破带来意想不到的转机，而就在一切都向着光明推进之际，终于发现了隐藏在最深处的“那双眼睛”。
